Faktury mogą być wystawiane również w formie elektronicznej. Posiadają one taką samą wartość jak faktury w wersji papierowej. Przy ich wystawianiu obowiązują ogólne zasady określone dla wystawiania faktur. Warunki przesyłania, przechowywania faktur elektronicznych są określone w Rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 20 grudnia 2012 r. w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej.
Przedsiębiorca, który wystawia fakturę elektroniczną przesyła ją w formacie elektronicznym do nabywcy bądź też udostępnia ją nabywcy, który ma możliwość pobrania faktury z serwera sprzedawcy.
Aby podmiot mógł przesyłać faktury drogą elektroniczną konieczna jest zgoda odbiorcy faktur. Faktury, które będą przesyłane w formacie elektronicznym mogą być przesyłane jeśli będą mieć zapewnioną autentyczność pochodzenia, integralność treści oraz czytelność faktury. Autentyczność pochodzenia oraz integralność treści faktury może być zachowana w przypadku, gdy zostanie użyty bezpieczny podpis elektroniczny weryfikowany za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu bądź też poprzez wykorzystanie elektronicznej wymiany danych, zgodnie z umową dotyczącą europejskiego modelu wymiany danych elektronicznych, w sytuacji, gdy z treści umowy wynika stosowanie procedur gwarantujących autentyczność pochodzenia faktury a także integralność tych danych.
Autentyczność pochodzenia, czytelność faktury oraz integralność treści można zapewnić za pomocą dowolnej kontroli biznesowej, które ustalają wiarygodną ścieżkę audytu pomiędzy dostawcą towarów lub podmiotem świadczącym usługi a fakturą.
Przedsiębiorca musi zapewnić dostęp organowi kontroli do faktur, które są przechowywane w formie elektronicznej. Organ musi mieć zapewnioną możliwość do ściągnięcie określonych dokumentów z sieci.