Podstawowym celem kontroli skarbowej jest ochrona interesów oraz praw majątkowych Skarbu Państwa. Kontrola skarbowa ma za zadanie zapewnić skuteczność wykonywania zobowiązań podatkowych a także innych należności, które stanowią dochód budżetu państwa czy też państwowych funduszy celowych.
Celem kontroli skarbowej jest także badanie czy mienie innych państwowych osób prawnych jest zagospodarowane zgodnie z prawem. Kontrola skarbowa pozwala na zapobieganie a także ujawnianie przestępstw, popełnianych przez osoby zatrudnione bądź też pełniące służbę w jednostkach organizacyjnych, które są podległe ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych.
Zakres kontroli skarbowej został określony w ustawie z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej. I tak kontrola skarbowa obejmuje m. in. kontrolę:
rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania;
prawidłowości obliczania, a także wpłacania podatków, które stanowią dochód budżetu państwa;
innych należności pieniężnych budżetu państwa albo państwowych funduszy celowych;
działalności gospodarczej, która nie została zgłoszona do opodatkowania;
źródeł pochodzenia majątku;
celowości oraz zgodności z prawem gospodarowania środkami publicznymi a także środkami, które pochodzą z Unii Europejskiej czy międzynarodowych instytucji finansowych (oprócz kontroli celowości wykorzystania środków, które są zaliczane do dochodów własnych oraz subwencji ogólnej jednostki samorządu terytorialnego);
prawidłowości środków własnych, które zostały przekazane do budżetu Unii Europejskiej;
rzetelności wypełniania zobowiązań, które wynikają z udzielonych przez Skarb Państwa poręczeń oraz gwarancji;
czy środki, których spłatę poręczył bądź też gwarantował Skarb Państwa zostały wykorzystane zgodnie ich założonym przeznaczeniem.