Co do zasady na administratorze danych osobowych ciąży obowiązek zgłoszenia zbioru danych do rejestracji Generalnemu Inspektorowi. Rejestr prowadzony przez Generalnego Inspektora jest ogólnokrajowy oraz jawny. Każdemu przysługuje prawo do przeglądu rejestru. Nie każdy zbiór danych podlega jednak rejestracji. Z obowiązku rejestracji są zwolnieni m.in. administratorzy danych:
zawierających informacje niejawne,
przetwarzanych przez właściwe organy dla potrzeb postępowania sądowego oraz na podstawie przepisów o Krajowym Rejestrze Karnym,
dotyczących osób należących do kościoła, innego związku wyznaniowego, o uregulowanej sytuacji prawnej, przetwarzanych na potrzeby tego kościoła, związku wyznaniowego.
Zgłoszenie zbioru danych do rejestracji musi zawierać określone elementy. Przede wszystkim sam wniosek o wpis zbioru do rejestru z oznaczeniem administratora danych, adresu siedziby bądź miejsca zamieszkania czy podstawę prawną upoważniającą do prowadzenia zbioru. Dodatkowo konieczne jest określenie celu przetwarzania danych, sprecyzowanie kategorii osób, które dane dotyczą, oraz zakres przetwarzanych danych. Zgłoszenie do rejestracji musi zawierać opis środków technicznych, organizacyjnych, jak również informację o tym, czy wypełniono i w jaki sposób warunki techniczne, organizacyjne. W przypadku, gdy dane będą przekazywane do państwa trzeciego trzeba umieścić również taką informację. Administrator danych może żądać wydania zaświadczenia potwierdzającego zarejestrowanie zgłoszonego przez niego zbioru danych. Takie zaświadczenie wydawane jest niezwłocznie po dokonaniu rejestracji.
Jeżeli jakaś informacja zawarta w zgłoszenie ulegnie zmianie, administrator danych ma obowiązek zgłosić ten fakt Generalnemu Inspektorowi, w terminie 30 dni od dnia dokonania zmiany.