Wszczęcie postępowania kontrolnego następuje tylko i wyłącznie z urzędu. Organ kontroli wydaje postanowienie o wszczęciu postępowania kontrolnego. Postępowanie kontrolne wszczynane jest z dniem doręczenia kontrolowanemu postanowienia o wszczęciu postępowania kontrolnego. Organowi kontroli skarbowej przysługuje uprawnienie przeprowadzenia kontroli podatkowej w ramach prowadzonego postępowania kontrolnego.
Kontrola wszczynana jest nie wcześniej niż po upływie 7 dni od dnia doręczenia zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli. Wcześniejsze rozpoczęcie kontroli jest możliwe tylko za zgodą bądź też na sam wniosek kontrolowanego. Kontrola nie może być jednak wszczęta później niż po upływie 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia.
Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej musi zawierać określone elementy: oznaczenie organu kontroli, datę, miejsce wystawienia, oznaczenie podmiotu kontrolowanego, określenie zakresu kontroli, pouczenie o przysługującym prawie do złożenia korekty deklaracji, podpis osoby upoważnionej do zawiadomienia, ewentualnie bezpieczny podpis elektroniczny potwierdzony certyfikatem.
Nie w każdej sytuacji zawiadamia się podmiot o planowanym zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej. Ma to miejsce chociażby w przypadku, gdy kontrola dotyczy zasadności zwrotu różnicy podatku czy kontrola ma być wszczęta na żądanie organu prowadzącego postępowanie przygotowawcze o przestępstwo.
Postępowanie kontrolne może być wszczęte po okazaniu legitymacji służbowej oraz znaków identyfikacyjnych, wówczas postanowienie o wszczęciu postępowania kontrolnego doręcza się bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 dni roboczych od dnia jego wszczęcia.