
Audyt jest prowadzony w określonych instytucjach, przede wszystkim w instytucjach pośredniczących, zarządzających, certyfikujących, instytucji płatniczej, wdrażających, agencjach płatniczych oraz podmiotach, które są zaangażowane w realizację wspólnych programów (źródłem finansowania są środki z budżetu Unii Europejskiej). Audyt przeprowadzany jest również w podmiotach oraz jednostkach organizacyjnych przekazujących, wydatkujących a także otrzymujących środki, jak również w podmiotach oraz jednostkach obowiązanych do wywiązywania się z określonych warunków. Instytucje to określone są audytowanymi.
Ustawa z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej określa co obejmuje audyt i będzie to sprawdzenie:
skuteczności funkcjonowania systemów zarządzania oraz kontroli;
prawidłowości a także zgodności z prawem wydatków;
prawidłowości rachunków;
wywiązywanie się z określonych warunków finansowania pomocy.
Audyt musi być prowadzony z uwzględnieniem standardów międzynarodowych audytu.
Ustawa o kontroli skarbowej określa, że audyt wykonuje Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, natomiast czynności w zakresie audytu są dokonywane przez inspektorów kontroli skarbowej, a także pracowników jednostek organizacyjnych kontroli skarbowej, którzy zatrudnieni są w:
wyodrębnionej komórce organizacyjnej właściwej w sprawach audytu – na podstawie upoważnienia, które zostało wydane przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, bądź też
urzędach kontroli skarbowej – na podstawie upoważnienia wydanego przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej albo z jego upoważnienia przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej.