Co do zasady miejscem kontroli czyli wykonywania czynności kontrolnych jest siedziba podmiotu kontrolowanego. Miejscem kontroli może być również inne miejsce przechowywania dokumentacji oraz miejsce związane z prowadzoną przez podmiot działalnością. Kontrola jest prowadzona w godzinach pracy podmiotu. W sytuacji, gdy nastąpi skrócenie czasu pracy – czynności kontrolne mogą być prowadzone przez 8 godzin dziennie. Zasadą jest, że czynności kontrolne nie powinny zakłócać pracy przedsiębiorcy.
Jeżeli księgi podatkowe są prowadzone bądź też przechowywane poza siedzibą podmiotu kontrolowanego, wówczas organ kontrolujący może żądać zapewnienia dostępu do ksiąg w miejscu swojej siedziby bądź też miejscu ich prowadzenia czy przechowywania, zwłaszcza jeżeli udostępnienie w siedzibie może w znacznym stopniu utrudnić prowadzenie przez kontrolowanego bieżącej działalności. Powyższe zasady mają również zastosowanie w przypadku, gdy kontrolowany prowadzi działalności w lokalu mieszkalnym.
Zarówno cała kontrola, jak i tylko poszczególne czynności kontrolne mogą być przeprowadzone również w siedzicie organu podatkowego, w sytuacji, gdy może to usprawnić prowadzenie kontroli bądź też kontrolowany zrezygnował z uczestnictwa w czynnościach kontrolnych. Na kontrolę w siedzibie organu podatkowego kontrolowany musi wyrazić zgodę. Kontrolujący oczywiście w zakresie wynikającym z upoważnienia ma prawo wstępu na grunt, a także do budynków, lokali oraz innych pomieszczeń kontrolowanego. Może również prowadzić czynności kontrolne w lokalu mieszkalnym, a także zażądać okazania majątku podlegającego kontroli oraz może dokonywać jego oględzin.