Na podatniku podatku dochodowego od osób fizycznych ciążą określone obowiązki. Podstawowym jest właściwe przechowywanie dokumentacji księgowej. Przedsiębiorca musi archiwizować wszystkie dokumenty księgowe, które były podstawą do określania podatku. Konieczne jest przechowywanie dokumentów przychodowych oraz kosztowych i dotyczy to nie tylko dokumentów wewnętrznych ale również zewnętrznych firmy. Dowód księgowy musi być prawidłowo sporządzony i odzwierciedlać konkretną operację gospodarczą.
Kolejnym obowiązkiem jest prowadzenie określonej ewidencji, aby w sposób rzetelny i jasny móc określić rzeczywistą sumę przychodów oraz kosztów. Przedsiębiorca w zależności od wybranej formy podatkowej prowadzi ewidencję przychodów, podatkową księgę przychodów i rozchodów albo księgę rachunkową.
Dodatkowo konieczne jest odprowadzanie zaliczek na podatek dochodowy. W przypadku rozliczania podatku na zasadach ogólnych przedsiębiorca jest zobowiązany do wpłacania zaliczek na podatek do 20 dnia każdego miesiąca, za miniony miesiąc rozliczeniowy. Po spełnieniu określonych warunków zaliczki mogą być również wpłacane kwartalnie – do 20 dnia miesiąca następującego po kwartale.
Przedsiębiorca ma obowiązek złożenia do urzędu skarbowego po zakończeniu okresu rozliczeniowego zeznania rocznego na stosownym formularzu. Przedsiębiorcy, którzy rozliczają korzystając z ryczałtu ewidencjonowanego muszą złożyć deklarację PIT-28 do 31 stycznia następnego roku podatkowego. Podmiot, który rozlicza się podatkiem liniowym ma obowiązek złożenia deklarację PIT 36L do 30 kwietnia, tak samo jak przedsiębiorcy rozliczający się w oparciu o zasady ogólne. Wówczas jednak obowiązuje formularz PIT 36.