Kontrola skarbowa zgodnie z przepisami ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej sprawowana jest przez organy kontroli skarbowej. Organami kontroli skarbowej w świetle ustawy jest:
minister właściwy do spraw finansów publicznych (naczelny organ kontroli skarbowej);
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej (organ wyższego stopnia ponad dyrektorami urzędów kontroli skarbowej);
oraz dyrektor urzędu kontroli skarbowej.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej jest powoływany a także odwoływany przez Prezesa Rady Ministrów na wniosek złożony przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych. Dyrektorów urzędów kontroli skarbowej powołuje się spośród kandydatów, którzy są wyłaniani w drodze konkursu. Odwołania dyrektorów urzędu kontroli skarbowej dokonuje minister właściwy do spraw finansów publicznych na wniosek Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Jednostkami organizacyjnymi kontroli skarbowej są urzędy kontroli skarbowej, jak również urząd, który obsługuje ministra właściwego do spraw finansów publicznych. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej wykonuje określone zadania przy pomocy komórek organizacyjnych, które są wyodrębnione ze struktury urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw finansów publicznych.
Organy kontroli skarbowej mogą współpracować z określonymi podmiotami w zakresie wykonywanych zadań kontrolnych. Dodatkowo organy administracji rządowej, samorządowej a także państwowe samorządowe jednostki organizacyjne mają obowiązek pomagać, współdziałać jak i nieodpłatnie udostępniać informacje organom kontroli skarbowej jak i inspektorom i pracownikom wykonującym określone zadania w zakresie kontroli. Organy kontroli skarbowej współpracują również z Szefem Krajowego Centrum Informacji Kryminalnych w takim zakresie jaki jest niezbędny do realizacji zadań.