Ustawodawca w żadnym akcie prawnym nie definiuje w sposób bezpośredni pojęcia organu podatkowego. Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa wymienia w sposób enumeratywny podmioty, które posiadają status organów podatkowych oraz wskazuje ich właściwość instancyjną.
Minister właściwy do spraw finansów publicznych jest organem podatkowym. Organem podatkowym odpowiednio do swojej właściwości jest również:
naczelnik urzędu skarbowego, naczelnik urzędu celnego, wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta, marszałek województwa – są to organy podatkowe pierwszej instancji;
dyrektor izby skarbowej, dyrektor izby celnej – który stanowi organ odwoławczy odpowiednio od decyzji naczelnika urzędu skarbowego lub naczelnika urzędu celnego, organ pierwszej instancji, na podstawie odrębnych przepisów oraz organ odwoławczy od decyzji wydanej przez ten organ w pierwszej instancji;
samorządowe kolegium odwoławcze – jest organem odwoławczym od decyzji wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starosty albo marszałka województwa.
Organem podatkowym jest także Dyrektor Biura Krajowej Informacji Podatkowej, który jest organem właściwym w sprawach dotyczących wydawania interpretacji przepisów prawa podatkowego.
W przypadku, gdy jest to uzasadnione ochroną informacji niejawnych czy też wymogami bezpieczeństwa państwa, Rada Ministrów może w drodze rozporządzenia, nadać uprawnienia organów podatkowych określonym podmiotom: Szefowi Agencji Wywiadu, Szefowi Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Szefowi Centralnego Biura Antykorupcyjnego, Szefowi Służby Wywiadu Wojskowego, Szefowi Służby Kontrwywiadu Wojskowego.