Podatek tonażowy został wprowadzony w drodze przepisów ustawy z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym. Podatnikami podatku jest dość wąska grupa podmiotów. Opodatkowaniu podlegają przedsiębiorcy żeglugowi prowadzący działalność polegającą na świadczeniu usług w żegludze międzynarodowej, z wykorzystaniem statków o pojemności brutto powyżej 100 jednostek każdy, w określonym przez przepisy prawne zakresie.
Opodatkowaniu podatkiem tonażowym podlega również działalność przedsiębiorcy żeglugowego m.in. w zakresie: dzierżawy i użytkowania kontenerów, prowadzenia terminali pasażerskich, prowadzenia działalności naprawczej, załadunkowej, rozładunkowej czy chociażby sprzedaży towarów, usług na pokładzie statku.
Podstawą opodatkowania podatkiem tonażowym jest dochód przedsiębiorcy, odpowiadający iloczynowi dobowej stawki, która jest uzależniona od pojemności netto statku oraz okresu eksploatacji w danym miesiącu wszystkich statków przedsiębiorcy, z których dochód opodatkowany jest podatkiem tonażowym
Przedsiębiorca jest zobowiązany do złożenia oświadczenia o wyborze takiego opodatkowania, według ustalonego wzoru do naczelnika urzędu skarbowego. Właściwym naczelnikiem urzędu skarbowego do składania oświadczenia jest naczelnik właściwy w sprawach podatku dochodowego. Oświadczenie składa się do 20 stycznia pierwszego roku podatkowego okresu opodatkowania. A w przypadku rozpoczynania wykonywania działalności oświadczenie składane jest do dnia poprzedzającego dzień rozpoczęcia działalności gospodarczej.
Podmiot podlega opodatkowaniu podatkiem tonażowym przez okres 10 lat. W przypadku, gdy nastąpi połączenie się przedsiębiorców opodatkowanych podatkiem tonażowym, okres opodatkowania przedsiębiorcy powstałego z połączenia będzie okresem opodatkowania przedsiębiorcy żeglugowego, który wcześniej złożył oświadczenie.