Podstawą prawną kontroli podatkowej jest przede wszystkim ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa. Ustawa normuje zarówno postępowanie podatkowe, kontrolę podatkową, czynności sprawdzające, jak i zobowiązania podatkowe, informacje podatkowe oraz tajemnicę skarbową. Celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy podmioty kontrolowane wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego.
Inne uregulowania prawne związane z kontrolą podatkową znajdują się w ustawie z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej. Ustawa reguluje podejmowanie, wykonywanie oraz zakończenie działalności gospodarczej na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Określa również zadania organów w zakresie prowadzenia działalności gospodarczej. W rozdziale 5 ustawy znajdują się przepisy regulujące kontrolę działalności gospodarczej przedsiębiorcy,
Kontrola skarbowa prowadzona jest również na podstawie ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej. Celem kontroli skarbowej w świetle przepisów ustawy jest ochrona interesów oraz praw majątkowych Skarbu Państwa. Kontrola służy również zapewnieniu skuteczności wykonywania zobowiązań podatkowych oraz innych należności stanowiących dochód budżetu państwa bądź też państwowych funduszy celowych.
W polskim systemie prawnym obowiązuje również akty prawne pozaustawowe, które regulują kwestię kontroli skarbowej i są to m.in.: rozporządzenie Rady Ministrów z 19 kwietnia 2011 roku w sprawie sposobu i trybu współdziałania organów kontroli skarbowej oraz inspektorów i pracowników z organami administracji rządowej i samorządowej, państwowymi i samorządowymi jednostkami organizacyjnymi oraz sądami i państwowymi osobami prawnymi oraz rozporządzenie Ministra Finansów z 4 stycznia 2011 roku w sprawie siedzib i organizacji urzędów kontroli skarbowej.