Przebieg oraz zasady prowadzenia postępowania kontrolnego określa ustawa z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej. Postępowanie kontrolne prowadzi się zgodnie z planem kontroli, który jest ustalony przed dyrektorów urzędów kontroli skarbowej odpowiednio do zadań wyszczególnionych przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Postępowanie kontrolne może być także prowadzone poza planem kontroli, wówczas odbywa się na podstawie uzyskanych informacji, materiałów czy też przeprowadzonych analiz.
Postępowanie kontrolne jest wszczynane z urzędu w formie postanowienia. Datą wszczęcia postępowania kontrolnego jest dzień doręczenia postanowienia kontrolowanemu.
Organy podatkowe są zobowiązane do zawiadomienia kontrolowanego o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej chyba, że wystąpią okoliczności uzasadniające brak zawiadomienia, określone w art. 282 c. Ordynacji podatkowej.
Kontrola wszczynana jest nie wcześniej niż 7 dni od doręczenia zawiadomienia i nie później niż przed upływem 30 dni. Kontrolę przeprowadza pracownik, który jest imiennie upoważniony przez dany organ podatkowy. Upoważnienie określa zakres kontroli. Pracownik prowadzący postępowanie kontrolne nie może dokonywać działań kontrolnych, które wykraczają poza zakres wskazany w upoważnieniu.
W ramach kontroli pracownik może zażądać od kontrolowanego przedstawienia dokumentów objętych kontrolą, w celu sprawdzenia ich rzetelności oraz prawidłowości. Może również żądać przekazania, za pomocą środków komunikacji elektronicznej czy też informatycznym nośniku danych, wyciągów z ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych zapisanych w postaci elektronicznej.
Organ kontroli skarbowej kończy postępowanie kontrolne decyzją bądź wynikiem kontroli. Przed wydaniem decyzji czy też wyniku kontroli organ kontroli wyznacza kontrolowanemu czas na wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego.