Przedsiębiorca dokonuje rejestracji jako podatnik VAT wypełniając formularz VAT-R. Podmiot może zarejestrować się jako czynny podatnik, wówczas składa wypełniony formularz VAT-R, bądź też jako podatnik zwolniony. Rejestrując się jako podatnik zwolniony przedsiębiorca nie ma bezpośredniego obowiązku do składania formularza VAT-R. Jeśli to jednak zrobi na formularzu określa status jako podatnik VAT zwolniony.
Przedsiębiorca składa odpowiednio wypełniony formularz urzędowi skarbowemu, który jest właściwy ze względu na:
adres siedziby, jeżeli rejestracja dotyczy osób prawnych oraz jednostek organizacyjnych nieposiadających osobowości prawnej;
miejsce zamieszkania – w przypadku osoby fizycznej,
stałe miejsce prowadzenia działalności – w sytuacji, gdy podmiot nie posiada siedziby działalności na terytorium kraju, ale posiada stałe miejsce prowadzenia działalności.
Dla podatników nieposiadających siedziby działalności bądź stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju organem właściwym do rejestracji jest Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście.
Rejestracja VAT przedsiębiorcy jest bezpłatna, jednak wydanie potwierdzenia rejestracji wiąże się z opłatą skarbową w wysokości 170,00 zł. Opłaty należy dokonać na konto urzędu miasta (gminy bądź dzielnicy) na terenie którego mieści się siedziba naczelnika US.
Rejestracji do celów VAT dokonuje się przed dniem pierwszej sprzedaży towarów bądź usług lub dniem, w którym podmiot traci prawo do zwolnienia (przekroczenie limitu 150 tys. zł sprzedaży). Przepisy określają również inne sytuacje, kiedy należy dokonać zgłoszenia.