Przedsiębiorca oprócz konieczności odprowadzania zaliczek na podatek dochodowy miesięcznie bądź też kwartalnie, jest zobowiązany do składania rocznego zeznania podatkowego. Zeznanie stanowi zbiór informacji co do wysokości osiągniętego dochodu lub też poniesionej straty.
Składane jest po zakończeniu roku podatkowego w terminie do 30 kwietnia roku następnego. Przedsiębiorca składa zeznanie na specjalnym formularzu PIT-36L. W zeznaniu wykazuje się tylko i wyłącznie dochód, który dany podmiot uzyskał w wyniku prowadzenia działalności. Jeśli przedsiębiorca osiągnął dochody z innych tytułów np. stosunku pracy, wówczas składa odrębne zeznanie na formularzu PIT-37.
Przy wybraniu tej formy rozliczeń podatkowych można podjąć decyzję co do przekazania 1% podatku należnego, określonego w zeznaniu rocznym na rzecz dowolnej organizacji pożytku publicznego.
Przedsiębiorca, który wybrał podatek liniowy jako formę opodatkowania działalności gospodarczej nie ma prawa do rozliczania się ze swoich dochodów wspólnie ze małżonkiem. Przy rozliczeniu nie może również korzystać z rozliczenia jakie przysługuje osobom samotnie wychowujących dzieci. Trzeba również pamiętać, że wyłączona zastałą możliwość korzystania z określonych przepisami ulg podatkowych. Wyjątek stanowi ulga dla osób osiągających dochody za granicą. Z tej ulgi przedsiębiorca może korzystać.
Od dochodu przedsiębiorca ma prawo odliczenia zapłaconych składek na ubezpieczenie społeczne czy też wpłaty, które zostały przekazane na indywidualne konto zabezpieczenia emerytalnego. OD kwoty podatku przedsiębiorca odlicza również opłacone przez niego składki zdrowotne – 7,75% a także wcześniej wspomnianą ulgę przysługującą za dochody osiągnięte za granicy.