W przypadku wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów obowiązek podatkowy powstaje 15 dnia miesiąca, który następującego po miesiącu w jakim dokonano dostawy towarów. Analogicznie ma to zastosowanie od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, obowiązek podatkowy powstanie 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dokonano dostawy towaru będącego przedmiotem wewnątrzwspólnotowego nabycia.
Przedsiębiorca dokonujący transakcji wewnątrzwspólnotowych jest zobowiązany do składania w urzędzie skarbowym deklaracji podatkowych za okresy miesięczne w terminie do 25 dnia miesiąca następnego. Mali podatnicy, korzystający z metody kasowej deklaracje podatkowe będą składali za okresy kwartalne w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po danym kwartale.
Podatnicy dokonujący transakcji wewnątrzwspólnotowych oprócz miesięcznych deklaracji podatkowych są zobowiązani do składania deklaracji podsumowujących. Zawiera ona m.in. informacje o kodzie kraju określający państwo kontrahenta, numerze identyfikacyjnym VAT kontrahenta, kwocie dostaw i kwocie nabyć. Informacja może być składana zarówno w formie papierowej jak i elektronicznej. W przypadku, gdy ma ona ma postać papierową należy ją złożyć do 15 dnia miesiąca następującego po okresie, w którym dokonano transakcji. W formie elektronicznej informację składa się do 25 dnia miesiąca. Podatek od transakcji wspólnotowych przedsiębiorca opłaca do 25 dnia następnego miesiąca albo 25 dnia miesiąca następującego po danym kwartale, w zależności od formy rozliczenia.