Przewidywany termin zakończenia kontroli jest wskazywany w upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli podatkowej przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej bądź Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Warto pamiętać, iż organ kontroli skarbowej w dniu wszczęcia postępowania kontrolnego pozostaje właściwy aż do dnia jego zakończenia, bez względu na to czy w toku postępowania zmieniła się podstawa właściwości.
Organ kontroli skarbowej kończy postępowanie kontrolne decyzją, gdy ustalenia dotyczą podatków, które należą do właściwości naczelnika urzędu skarbowego, podatku akcyzowego, podatku od wydobycia niektórych kopalin. Decyzja wydawane jest również w przypadku, gdy ustalenia dotyczą opłat, niepodatkowych należności budżetu państwa określanych lub ustalanych przez naczelnika urzędu skarbowego. Organ kontroli skarbowej wyda decyzję kończącą postępowanie kontrolne, jeżeli w trakcie toczącego się postępowania zobowiązanie podatkowe ulegnie przedawnieniu. Decyzja jest wydawana w przypadku, gdy kontrolowana spółka cywilna, partnerska, jawna, komandytowo-akcyjna, komandytowa została rozwiązana w trakcie postępowania kontrolnego.
W określonych sytuacjach organ kontroli kończy postępowanie kontrolne wynikiem kontroli. Ma to miejsce wówczas, gdy: ustalenia dotyczą nieprawidłowości m.in. w zakresie celowości, zgodności z prawem gospodarowania środkami publicznymi, środkami pochodzącymi z Unii Europejskiej i międzynarodowych instytucji finansowych. Wynik kontroli kończy postępowanie kontrolne także wówczas, gdy kontrolowany złożył korygującą deklarację obejmującą w całości stwierdzenie nieprawidłowości.
Przed wydaniem decyzji czy wyniku kontroli organ kontroli skarbowej wyznacza kontrolowanemu czas (7 dni) na wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału dowodowego.