Podatnik ma obowiązek odprowadzenia podatku dochodowego do urzędu skarbowego. Osoba fizyczna rozlicza podatek w urzędzie skarbowym właściwym ze względu na swoje miejsce zamieszkania. Podatek jest opłacany w formie zaliczki co miesiąc bądź co kwartał. Płatnik przekazuje kwotę pobranych zaliczek na podatek w terminie do 20 dnia miesiąca następnego, w którym pobrano zaliczki. Kwota przekazywana jest na rachunek bankowy urzędu skarbowego,
przy pomocy którego naczelnik urzędu wykonuje powierzone mu zadania. W przypadku, gdy płatnik nie jest osobą fizyczną, podatek jest odprowadzany według siedziby czy też miejsca prowadzenia działalności. Jeżeli wystąpi różnica między kwotą potrąconego podatku a kwotą, która została wpłacona należy wyjaśnić to w określonej deklaracji.
Na podatniku ciąży również obowiązek złożenia do urzędu skarbowego rocznej deklaracji, zgodnie z ustalonym wzorem. Deklaracja przesyłana jest do końca stycznia roku następnego po roku podatkowym, w przypadku, gdy przedsiębiorca rozlicza się korzystając z ryczałtu ewidencjonowanego. Wypełniany jest wówczas formularz PIT-28. Podmiot, który rozlicza się podatkiem liniowym ma obowiązek złożenia deklarację PIT 36L do 30 kwietnia, tak samo jak przedsiębiorcy rozliczający się w oparciu o zasady ogólne. Wówczas jednak obowiązuje formularz PIT 36.
W przypadku, gdy przedsiębiorca zakończy prowadzenie działalności gospodarczej przed końcem stycznia roku następnego roku podatkowego, wówczas musi złożyć deklarację roczną w terminie do dnia zaprzestania określonej działalności.