Organy kontroli mają obowiązek zawiadomienia przedsiębiorcy o planowanym wszczęciu kontroli, chyba, że kontrola dotyczy ściśle określonych przypadków, wówczas nie ma takiej konieczności. Kontrola jest wszczynana po upływie co najmniej 7 dni od dania doręczenia zawiadomienia i nie później niż przed upływem 30 dni od tego momentu. Kontrola może być wszczęta wcześniej na wniosek przedsiębiorcy.
Czynności kontrolna mogą być wykonywane przez pracowników organów kontroli po okazaniu przedsiębiorcy (osobie przez niego upoważnionej) legitymacji służbowej i doręczeniu upoważnienia do przeprowadzania kontroli. Czynności kontrolne mogą być również wykonane przez osoby, które nie są pracownikami organu kontroli, jeżeli tak stanowią przepisy. Zmiana osób upoważnionych do wykonania kontroli, zakresu przedmiotowego kontroli czy też miejsca wykonywania czynności kontrolnych wymaga wydania odrębnego upoważnienia za każdym razem. Zakres kontroli nie może być większy poza zakres wskazany w upoważnieniu.
Co do zasady czynności kontrolnych dokonuje się w obecności kontrolowanego bądź osoby przez niego upoważnionej. Istnieją od tej zasady jednak wyjątki, chociażby gdy przeprowadzenie kontroli jest niezbędne do przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa czy wykroczenia. Kontrolowany musi pisemnie wskazać osobę upoważnioną do reprezentowania go w trakcie kontroli na czas nieobecności.
Kontrolę przeprowadza się w siedzibie kontrolowanego, miejscu wykonywania działalności gospodarczej lub też w innym miejscu przechowywania dokumentacji, w tym ksiąg podatkowych. Kontrola przeprowadzana jest w godzinach pracy bądź w czasie faktycznego wykonywania działalności gospodarczej przez kontrolowanego. Kontrola może być przeprowadzana również w siedzibie organu kontroli.
Przedsiębiorca jest zobowiązany do prowadzenia i przechowywania swojej książki kontroli, upoważnień oraz protokołów kontroli. Co do zasady nie można równocześnie podejmować oraz prowadzić kilka kontroli działalności gospodarczej.