Wszczęcie postępowania kontrolnego następuje tylko i wyłącznie z urzędu. Organ kontroli wydaje postanowienie o wszczęciu postępowania kontrolnego. Postępowanie kontrolne wszczynane jest z dniem doręczenia kontrolowanemu postanowienia o wszczęciu postępowania kontrolnego. Organowi kontroli skarbowej przysługuje uprawnienie przeprowadzenia kontroli podatkowej w ramach prowadzonego postępowania kontrolnego.