Przebieg oraz zasady prowadzenia postępowania kontrolnego określa ustawa z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej. Postępowanie kontrolne prowadzi się zgodnie z planem kontroli, który jest ustalony przed dyrektorów urzędów kontroli skarbowej odpowiednio do zadań wyszczególnionych przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Postępowanie kontrolne może być także prowadzone poza planem kontroli, wówczas odbywa się na podstawie uzyskanych informacji, materiałów czy też przeprowadzonych analiz.
