Przepisy ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej przyznają szereg praw inspektorom oraz pracownikom w zakresie kontroli skarbowej.
Przewidywany termin zakończenia kontroli jest wskazywany w upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli podatkowej przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej bądź Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Warto pamiętać, iż organ kontroli skarbowej w dniu wszczęcia postępowania kontrolnego pozostaje właściwy aż do dnia jego zakończenia, bez względu na to czy w toku postępowania zmieniła się podstawa właściwości.
Podstawą prawną kontroli podatkowej jest przede wszystkim ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa. Ustawa normuje zarówno postępowanie podatkowe, kontrolę podatkową, czynności sprawdzające, jak i zobowiązania podatkowe, informacje podatkowe oraz tajemnicę skarbową. Celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy podmioty kontrolowane wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego.
Na podstawie ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej przedsiębiorca jest zobowiązany do prowadzenia oraz przechowywania w swojej siedzibie książki kontroli. Dodatkowo konieczne jest przechowywanie upoważnień do kontroli oraz protokołów kontroli. Książka kontroli może mieć formę zboru dokumentów i służy przede wszystkim przedsiębiorcy do udokumentowania liczby oraz czasu trwania kontroli prowadzonej przez niego działalności gospodarczej.
Przebieg oraz zasady prowadzenia postępowania kontrolnego określa ustawa z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej. Postępowanie kontrolne prowadzi się zgodnie z planem kontroli, który jest ustalony przed dyrektorów urzędów kontroli skarbowej odpowiednio do zadań wyszczególnionych przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Postępowanie kontrolne może być także prowadzone poza planem kontroli, wówczas odbywa się na podstawie uzyskanych informacji, materiałów czy też przeprowadzonych analiz.
Organy kontroli mają obowiązek zawiadomienia przedsiębiorcy o planowanym wszczęciu kontroli, chyba, że kontrola dotyczy ściśle określonych przypadków, wówczas nie ma takiej konieczności. Kontrola jest wszczynana po upływie co najmniej 7 dni od dania doręczenia zawiadomienia i nie później niż przed upływem 30 dni od tego momentu. Kontrola może być wszczęta wcześniej na wniosek przedsiębiorcy.
Odpowiedzialność karną za przestępstwa skarbowe oraz wykroczenia skarbowe określają przepisy ustawy z dnia 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy.
Audyt jest prowadzony w określonych instytucjach, przede wszystkim w instytucjach pośredniczących, zarządzających, certyfikujących, instytucji płatniczej, wdrażających, agencjach płatniczych oraz podmiotach, które są zaangażowane w realizację wspólnych programów (źródłem finansowania są środki z budżetu Unii Europejskiej). Audyt przeprowadzany jest również w podmiotach oraz jednostkach organizacyjnych przekazujących, wydatkujących a także otrzymujących środki, jak również w podmiotach oraz jednostkach obowiązanych do wywiązywania się z określonych warunków. Instytucje to określone są audytowanymi.
Podstawowym celem kontroli skarbowej jest ochrona interesów oraz praw majątkowych Skarbu Państwa. Kontrola skarbowa ma za zadanie zapewnić skuteczność wykonywania zobowiązań podatkowych a także innych należności, które stanowią dochód budżetu państwa czy też państwowych funduszy celowych.
Każdy przedsiębiorca jest zobowiązany do prowadzenia działalności gospodarczej zgodnie z obowiązującymi przepisami prawnymi. Przestrzeganie określonych norm prawnych podlega kontroli przez stosowne urzędy.