Audyt jest prowadzony w określonych instytucjach, przede wszystkim w instytucjach pośredniczących, zarządzających, certyfikujących, instytucji płatniczej, wdrażających, agencjach płatniczych oraz podmiotach, które są zaangażowane w realizację wspólnych programów (źródłem finansowania są środki z budżetu Unii Europejskiej). Audyt przeprowadzany jest również w podmiotach oraz jednostkach organizacyjnych przekazujących, wydatkujących a także otrzymujących środki, jak również w podmiotach oraz jednostkach obowiązanych do wywiązywania się z określonych warunków. Instytucje to określone są audytowanymi.
